崇禎十三年二月初七日，左良玉所統主力和陝西明軍，同張獻忠部流寇在四川太平瑪瑙山遭遇。

    流寇據守山頂，準備迎敵。左良玉由於新受命為大將，求功心切，在察看了地形險易後，下令由他自己統率的軍隊擔任中路和右路，陝西兵為左路，以擊鼓為號，同時發動進攻。

    流寇雖然拚命反擊，終因力量不敵，被明軍攻上山頭，老營也遭到襲擊。獻忠大敗，部卒犧牲了三千五百多人。他自己用的鐫有“天賜飛刀”字樣的大刀，刻有“西營八大王承天澄清川嶽”字樣的虎符、鏤金龍棍，令旗、令箭、卜卦用的金錢以及妻妾敖氏、高氏等七口都被明軍擄獲。十反王楊友賢投降。

    張獻忠的軍師潘獨鰲躲在樹林裡也被明軍搜獲。楊嗣昌命令把敖氏、高氏和潘獨鰲關進襄陽監獄，飛章向朝廷報捷。朱由檢得報後欣喜異常，除了頒發賞銀等物以外，還命新任兵部尚書陳新甲制定將領立功賞格，催促楊嗣昌乘勝進軍。

    三月初九日，陝西明軍賀人龍、李國奇部在韓溪寺又大敗張獻忠起流寇。流寇陣亡一千三百人，獻忠部將左營一條龍（薛成才）、右營順天王（賀國現）領著兩千多人投降。

    第二日，明軍追到鹽井，起流寇又損失六百五十一人，前營二隻虎帶著一千多人投降。

    但此時張獻忠仍有相當實力，在西撤途中將四川明軍張令部六千人包圍在柯家坪，直至湖北明軍趕到後，獻忠才解圍而去。

    三月十五日，陝西明軍又追殺起流寇於木瓜溪，流寇戰士犧牲了一千二百多人。張獻忠在連遭重大挫折以後，領著殘兵敗卒進入荒山野嶺，躲過明軍的追剿。

    就當時的形勢來說，八大王張獻忠的處境是最為險惡的。

    楊嗣昌這個時候毫不掩飾自己洋洋得意的心情，多次在給朝廷的奏疏和給其他官僚的信函裡，預言張獻忠的被“擒斬”已經指日可待。

    然而，同他的預料結果卻是相反，張獻忠所部流寇終於度過了難關，在崎嶇的征途上又勝利前行了。

    而在這年七月，曹操羅汝才、小秦王、混世王等部在興山縣豐邑坪被京營官兵和湖廣官兵擊敗，陣亡士卒三千三百人。

    十三日，小秦王、混世王等人率部眾四千人於羊角寨投降。羅汝才感到兵單勢孤，乃於十九日同張獻忠部合營於白羊山。

    崇禎十三年秋，張獻忠、羅汝才兩人經過商議後認為明軍主力雲集湖北，流寇爲了擺脫困境，決計聯合入川。

    九月初九日，進抵大昌城下。明四川巡撫邵捷春領著官兵在這兒據守。流寇便繞過大昌，向開縣、新寧、梁山行進。

    十七、十八兩日，張、羅二部在達縣地區作戰不利，又轉回大昌、大寧。

    本月底，流寇在達縣尤溪口擊敗追襲而來的總兵方國安、參將羅於莘部官軍，趨勢進取巴州。

    十月初三日，在巴州同敵副將張奏凱部作戰。十一日，過廣元縣，渡嘉陵江。十三日，攻劍州，破城後殺署印官。

    佔領劍州以後，張獻忠、羅汝才曾打算北上廣元，經寧羌入陝西漢中，由於明陝西當局深恐義軍重返陝境，派總兵趙光遠，賀人龍統重兵扼險於川陝交界的朝天關。

    張獻忠和羅汝才見入陝有困難，即於十六日從劍閣起營向南攻克梓潼縣。十九日於廟埡擊斃明副將羅永珍、韓光榮、劉貴、譚繹等。

    二十一日又敗陝西官軍賀人龍、李國奇部，活捉並處死了叛徒張一川，隨即進抵綿州。

    楊嗣昌這個時候把圍剿的失敗，歸罪於四川當局的疏於防範和陝西官軍的挾餉譟歸。

    因此四川巡撫邵捷春竟因此革職逮問，論罪棄市。巡撫一職由監軍道廖大亨接替。陝西總督鄭崇儉也被革職，由丁啟睿繼任。

    崇禎十三年十二月初一日，流寇破隆昌縣；初五日破瀘州，殺了途經該城赴任的明松潘道黃諫卿和瀘州知州蘇瓊。初七日，攻克南溪縣；十一日又克榮縣，進圍井研。十四日克仁壽縣，殺知縣劉三策。十六日清晨，流寇到達成都東門外，見官軍守禦嚴密，即繞城北上，再次攻克德陽。此後又繼續北上，於昭化縣境渡過嘉陵江，二十九日夜間以騎兵詐稱楊閣部差兵賺開巴州。

    自從四川徹徹底底的糜爛不堪。