到了元代，白蓮教的組織和教義都起了變化，戒律鬆懈，宗派林立。一部分教派崇奉彌勒佛，宣揚“彌勒下生”這一本屬彌勒淨土法門的宗教讖言。有的教徒夜聚明散，集眾滋事，間或武裝反抗元廷統治。至大元年(1308)，朝廷忌白蓮教勢力過大，下令禁止。仁宗即位(1311)後，曾恢復合法地位。但十年後英宗即位，活動又遭限制。因此，許多地方的白蓮教組織對官府抱敵對態度。加之其信徒以下層群眾居多，故當元末社會矛盾激化時，一些白蓮教組織成為率先反元的力量。紅巾起義領導人韓山童、劉福通、徐壽輝、鄒普勝等都是白蓮教徒，他們以明王(即阿彌陀佛)出世和彌勒下生的讖言鼓動群眾，產生很大影響。

    朱元璋當年就是參加了郭子興的義軍，征戰多年，這才一步步的成爲了這萬里江山之主。

    因此大明起初嚴禁白蓮教。洪武、永樂年間，川鄂贛魯等地多次發生白蓮教徒武裝暴動，有的還建號稱帝，均被鎮壓。明中葉以後，民間宗教名目繁多，有金禪、無為、龍華、悟空、還源、圓頓、弘陽、彌勒、淨空、大成、三陽、混源、聞香、羅道等數十種，有的一教數名。它們各不相屬，教義頗多歧異，組織、儀軌和活動方式也不盡相同，有的甚至是互相之間互相借鑑的，或多或少地帶有白蓮教的印記。朝廷自然認為它們實際上仍是白蓮教，民間也籠統地稱為白蓮教。

    由於派系眾多，信奉的神祇極為繁雜，有天宮的玉皇、地獄的閻王、人間的聖賢等等；而最受崇奉的仍是彌勒佛。從正德年間開始，出現了對無生老母的崇拜，又有“真空家鄉，無生老母”所謂八字真言。據稱，無生老母是上天無生無滅的古佛，她要度化塵世的兒女返歸天界，免遭劫難，這個天界便是真空家鄉。各教派撰有自己的經卷，稱為寶卷，常對信徒宣講。內容龐雜，很接地氣，但從中也可看到儒、釋、道三家對它們的影響。

    明代白蓮教信徒眾多，主要來自下層社會。各派內部實行家長制統治，尊卑有序，等級森嚴。首領的成分十分複雜，對明廷的態度也很不一致。互相的目的也是不盡相同，有的借興教欺騙信徒，聚斂錢財；有的憑撰寫經卷攀附上層，取悅朝廷；有的在宮廷太監、官僚豪門中發展信徒；有的則與下層群眾反對官府的鬥爭相結合，發動武裝起義。如永樂十八年(1420)唐賽兒起義和天啟二年(1622)徐鴻儒起義皆是。

    就像周星馳的鹿鼎記中，“反清復明”只是一句口號，可以說最先運用這些口號，並且運用的爐火純青的就是白蓮教和這些衍生出來的教派。

    沐澤這個時候還只有唐賽兒的起義發生，但是白蓮教卻仍然活躍在民間之中，甚至不少江湖中人和白蓮教還有較好的關係。

    因為這些年白蓮教不斷的被打亂，被禁止，因此爲了更好的生存下去，白蓮教漸漸的向着一個江湖門派方向轉變，當今白蓮教在江湖上最出名的除了教主，就是四大明王，八大護法，原本的口號明王下世，明王地位尊崇，到了現在也變得不怎麼值錢了，一來就是四個了。除了這些人還有教主和聖女，這一套下來，不得不說白蓮教的組織更加嚴密，更具欺騙性和忽悠性。畢竟誰信宗教肯定都選神仙多，又有本事的，白蓮教可是有教主護法一大堆的，偶爾出去治個病救個人，發些符水就能忽悠不少信徒信奉白蓮教。