淮鳳軍情報調查司的成立讓朱盡忠不在是瞎子，隨著情調司發展越來越完善，對於日後淮鳳軍的發展和作戰則是更加的重要，情報調查司不單單只是收集情報，還有一個調查，主要是暗中調查軍中以及商業方面，是否有出現貪腐之人，還有那些有可能危害淮鳳軍整體發展之人，軍隊內的調查只是治標不治本，所以需要從根本上來解決。

    明末的各鎮官兵那是非常的混亂，軍隊幾乎就是各將領私有財產，而那些各處將領，管理手上兵馬的手段也是比較簡單粗暴，毫無系統性可言。總兵除了手上的家丁以外，其他的兵士不足花名冊之上的六成，大戰之前纔可以到處抓掠湊齊人數，也不管有沒有武器，這也直接導致了很多隊伍良莠不齊毫無戰鬥力。

    朱盡忠可不想淮鳳軍日後變成這個這樣，所以他下決心要建立一支現代化管理機制的軍隊！

    爲了避免日後淮鳳軍出現類似於其他明軍的問題，準備暫設立戰訓、參謀、後勤三個處，直接管理淮鳳軍各環節中的事情。朱盡忠按照自己的理解，參照後世軍隊的情況，給這個三個司規定了獨有的職能。

    戰訓處主要職能士兵的招募和訓練，訓練合格之後補充進淮鳳軍下屬各營。

    參謀處則是參謀軍務，負責制定各種作戰計劃，根據測量繪畫出各地地圖，行軍制定最佳的行軍路線，以及出發日期等等。

    後勤處的工作自然要做好一切軍隊後勤工作，糧草補給，膳食的製作，營房的搭建，輜重的管理等等。各營雖有輔兵，會專門進行這些工作，但這些各營物資調配，則全部都由後勤處負責。

    隨著淮鳳軍名聲的漸漸響起，越來越多的文人秀才加入了進來，朱盡忠經過測試將他們安排進軍中或是地方里去，而新成立的三各部門，同樣需要有文化的人，這樣就可以讓淮鳳軍更加健康成熟的壯大起來。

    另外一邊在鳳陽城下被淮鳳軍擊潰的流寇，在朝廷大軍的強大壓力之下，農民軍迅速兵分三路進行撤退。

    原先在河南的農民軍趁著洪承疇大軍東進後，陝西空虛，掉頭又殺了回去。二月底，張獻忠率軍西進，經霍山、英山進入湖廣，三月初三日攻克麻城（今湖北省麻城市）三月十二日，張獻忠與老回回、過天星等部會合攻取於羌州，長驅西進。張獻忠由鄖陽故道，經商州入陝西，高迎祥、李自成，以及已經流竄到湖北的張獻忠等部會合於鳳祥，陝西農民軍勢復大盛。

    如此一來，河南以東地區再不見一個賊軍，這讓受到張獻忠威脅的南直隸地區長長地鬆了一口氣，暫時解除了警報。

    追趕多日的洪承疇也沒想到農民軍來去如風，動作如此之快，只得趕緊修改戰略，由從南直隸趕回河南在回救陝西，與農民軍決戰。

    不過，當農民軍回到陝西后，更是在老家作戰，而且洪總督之前被人家牽著鼻子在幾個省亂轉，早已筋疲力竭，竟接連吃了個大敗仗。

    春四月，總督洪承疇至汝州，令總兵鄧玘戍守樊城，防漢江。鄧玘不善馭軍，多克餉，軍心不附。四月二十六日，其部將王允成以克餉聚兵鼓譟，殺鄧玘二僕。鄧玘懼，登樓越牆，誤墮火巷，被焚死。

    督師洪承疇以奏限於六月剿平農民軍，期已迫近，遂率賀人龍、張全昌等西行，下令曹文詔由閿鄉取山路直插雒南、商州奔襲農民軍，然後再經山陽、鎮安進入漢中。時農民軍離商州城三十里札營，滿山篝火。五月初五日，曹文詔率部偷襲農民軍，農民軍敗走。

    六月十一日，亂馬川一役，官軍前鋒劉宏烈被俘。

    六月十四日，副總兵艾萬年、劉成功、柳國鎮、又叫王錫奉命引兵增援，遭到農民軍伏擊。艾萬年、柳國鎮被擊斃，劉、王二人重傷。主力戰兵被殲三千餘人，其餘兩萬多人馬皆潰散而去。再戰，又被殲滅三千精銳。

    在失利的訊息接踵而至的時候，有發生了一件更打擊明軍的事情，那就是剿寇悍將曹文詔帶著三千關寧鐵騎在甘肅被農民軍包圍，最後戰死疆場！

    曹文詔，山西大同人。在遼東從軍，隨熊廷弼、袁崇煥等抗擊後金軍。以功歷官遊擊、參將等職。崇禎三年七月，擢升延綏東路副總兵。次年四月，殺害起義軍首領王嘉胤，以功擢臨洮總兵官。繼在陝西晉先後擊破多支農民軍，受命節制陝西、山西諸將。後調之大同。崇禎七年七月，請兵入大同，曹文詔固守懷仁。因失地，論罪充軍邊衛。山西巡撫吳甡保薦，乃覆命為援剿總兵官，立功自贖。崇禎八年六月二十八日，在真寧湫頭鎮被農民軍包圍，自刎而死。

    艾萬年和曹文詔所部都是目前對陣農民軍的主力部隊，他們的接聯戰死對於明軍的影響不言而喻。特別是悍將曹文詔，在當時可是被稱為天下良將，勇冠三軍，從他的戰績而言，一點點都不為過，他先後在陝西、山西等地參加了多次對農民軍的圍剿，經常是以幾千人馬對戰十幾萬流寇，是農民軍最頭疼也是為害怕的明將。

    至此，洪承疇手下已基本上可用之兵，整個陝西已經盡落於農民軍之手。

    當初在崇禎七年，洪承疇東出潼關追擊農民軍之時，崇禎紅地命他於六個月之內肅清農民軍。當時，他便覺得有些為難。可了到現在，更是無法可想，嚴格說來，如今的洪總督能夠守住西安城就算是不錯的了。

    而他給崇禎皇帝的奏摺上說，如今的陝西境內可用之兵已不足四萬人，且多為不能用的輔兵和民夫，而流寇則為明軍之十倍，其勢不敵明甚。

    在這樣的情況下，農民軍打下整個陝西已基本上是板上釘釘。不過，這個時候，又起了一個變故。農民突然放棄繼續在陝西攻城掠敵，選擇了再次進入河南。於是，洪承疇逃過了這一劫。

    究其原因很簡單，陝西因連年戰爭、災荒，已是赤地千里，幾十萬農民呆在一塊，吃飯就成最大的問題。於是，他們就再次回到河南，以戰養戰。這個時期的農民軍實行的仍然是流寇主義，沒有經營根據地的想法習慣。

    農民軍在曹文詔戰死之後，人心大快，士氣高傲，而與之相反，明軍先前的各部都大受震動，嚴重影響到了士氣。以至於一段時間內，明軍都不敢和農軍進行交戰，尤其是在農民軍準備進入河南的時候，聲勢及其浩大，大隊東行，塵煙蔽天，隊伍寬四十里，長約百餘里。面對如此龐大的敵軍，總兵左玉良，祖寬都是不敢出擊只能眼睜睜地看著敵人進入河南，由此可以看出明軍已失去了對農民軍作戰的信心。