流寇兵臨成都之後，明四川巡撫王維章、巡按陳廷謨嚇得面無人色，拼命求救。

    崇禎接到奏報之後，深恨四川文武官員無能，下令把王維章、侯良柱革職，陳廷謨“降三級戴罪殺賊”。

    之後急忙任命傅宗龍接替四川巡撫，催促洪承疇火速統兵入川協剿。洪承疇得令後帶領固原總兵左光先、臨洮總兵曹變蛟以及副將馬科、賀人龍、趙光遠等部官兵一萬名進川，又檄調延綏總兵王洪、寧夏總兵祖大弼部屯駐漢中、略陽、徽州、秦州一帶，準備在流寇出川時加以堵擊。

    李自成、張天琳等人見官軍雲集四川，東面和南面都有重兵扼守，川西又是少數民族聚居區，不易發展，就在崇禎十一年正月中旬，分路突破官軍阻攔，出川北上。

    李自成和中鬥星等部經文縣攔、西和，禮縣西攻河州、臨洮；爭世王、過天星、混天星等部取道陽平關、略陽，北經平涼、固原，直抵慶陽，不久又折回陝西。

    洪承疇帶著陝西官軍在四川撲了空，急忙趕回陝西。此後，洪承疇所統官軍，西追李自成等部於甘肅；巡撫孫傳庭則在澄城、延安、合水、三水一帶，追剿過天星、混天星以及六隊的爭世王、大天王等部流寇。

    崇禎十一年二月李自成等部出川以後，洪承疇和孫傳庭同朝內掌兵權的楊嗣昌有矛盾，唯恐追剿不力，會受到朝廷的處治。

    因此，他們以百倍的瘋狂分頭撲向由川返陝的流寇。李自成部在洪承疇所統總兵曹變蛟、左光先、祖大弼、副將賀人龍等部官軍的追擊下，出川不久就在河州、洮州地區兩次戰役中連遭失利，人員和馬匹損失很大。

    之後李自成帶著敗兵向西進入少數民族地區打算補充馬匹，洪承疇的官軍卻尾追不捨。

    四月，李自成部只好又折而東返，從甘肅鞏昌府屬的羊撒寨渡過洮河，晝夜兼程向西和、禮縣進發。為免被追剿的官軍發覺，李自成決定採取分散隱蔽的方式，命劉體純等“分路另走”。自己也“蹤跡益加詭秘，且避走山中，掩藏行徑。”

    四月初十日，李自成親自帶領流寇戰士和家屬三百人，行至甘肅禮縣北名叫馬塢的地方。明總兵左光先領著部下官兵於次日黎明追至，兩軍相距不過四、五十里，李自成等人處境相當危險。

    幸虧官軍在馬塢歇息一日，起程時又判斷錯誤，李自成才得以擺脫官軍的追擊，進至陝、川交界地區，同部將李過、劉體純等帶領的隊伍匯合。

    李自成部在陝甘失利後，於五月間會同六隊祁總管部共三千多人再次進入四川境內。

    洪承疇急忙指派陝西監軍道樊一蘅督促副將馬科、賀人龍部官軍進川追擊；自己帶總兵曹變蛟、王洪趕到西鄉縣。檄調總兵左光先率部進駐漢中府。在甘肅階州、徽州、文縣和陝西略陽一帶也部署了兵力，擋住流寇北返和西進的道路。

    七月十三日，馬科、賀人龍部同流寇交戰於四川廣元。四川巡撫傅宗龍唯恐流寇又象崇禎十年那樣直入成都平原，故調集了四川官軍和他從雲南帶來的部分軍隊，配合陝西官軍夾剿。

    八月初五日，雙方作戰於南江縣境，流寇因眾寡不敵，奪路北奔。十六日，到陝西城固縣境，打算渡漢水，取道石泉、興安往湖廣、河南。渡河時，遭到左光先部官軍的襲擊。這時流寇只剩下一千四，五百人，不足以對付官軍，因而退入附近山區。

    李自成躲進山區之後，卻以堅忍不拔的意志，帶著為數不多的殘兵敗卒，巧妙地擺脫了官軍的重兵追剿，向東轉入陝西、湖廣、四川三省交界的大山區，儘量避免同大股官軍正面交鋒。

    李自成消失了之後，大明朝廷把注意力轉到了張獻忠、羅汝才、老回回、革裡眼、左金王等部身上。

    崇禎十年八月的時候，張獻忠在河南南陽地區被官軍左良玉擊敗，負了傷，就把隊伍拉到湖北麻城、蘄州一帶同闖塌天劉國能部匯合。

    十二月，熊文燦派遣一度捲入流寇的生員盧鼎進入張獻忠、劉國能營內招降。張獻忠表示願意接受招安，尚猶豫未定，帶著人馬經安陸來到承天、襄陽地區。

    十二月二十八日和次年正月初八日，明太監劉元斌兩次向朝廷報告張獻忠願意接受招撫。

    正月初九日，張獻忠率部進佔湖北谷城，把闖塌天部下計程車卒趕走，貼出告示說：“本營志在匡亂，已逐闖兵遠遁。今欲釋甲歸朝，並不傷害百姓”云云。

    同時，拘集當地鄉紳耆老為他具結作保，要求明朝廷同意招安。張獻忠知道熊文燦貪財好貨，派孫可望拿了兩塊尺多長的碧玉和兩枚徑寸珍珠獻給熊文燦。

    文燦大悅，向朝廷建議招撫張獻忠，並派張大經監其軍。“滇將許名臣捧憲檄招撫，其述賊乞撫之詞，不曰‘解散歸農’，而曰‘願帶馬兵七千、步兵三千合萬衆以剿賊自贖’。”

    熊文燦自以為得計，“檄調其兵四千”，張獻忠卻以剛剛受撫“安集未定”作藉口，拒絕奉調出兵。

    兵部尚書楊嗣昌耽心張獻忠不是真心投降，弄不好會養虎貽患，主張要張獻忠先襲殺闖將李自成和老回回馬守應，才許招安，否則趁此機會“厲兵剿殺”。

    朱由檢聽了太監劉元斌和熊文燦的意見，唯恐剿之不勝，錯過了招撫的機會，當面批駁楊嗣昌道：“豈有他來投降，便說一味剿殺之理？”這樣，在朱由檢親自主持下決定了招撫張獻忠部。

    在張獻忠受撫以前，崇禎十一年正月，闖塌天劉國能在隨州投降了明朝廷。

    劉國能原是庠生出身，參加起義後曾為農民革命事業作過一些貢獻，成了起義前期的著名首領之一。

    但是，濃厚的封建忠孝節義思想卻象無形的繩索一樣羈絆著他，使他在階級衝突激化時，終於倒向了統治者一邊。據說他的投降是奉其母之命，投降時頓首曰：“愚民陷不義，蒙明府湔拭更生，願悉其眾上幕府軍簿，身入麾下，盡死力”，表示甘心充當明朝廷鎮壓流寇的馬前卒。

    在張獻忠受撫以後，順義王於七月十五日在河南信陽投降，明朝廷發給免死牌解散而去者九千五百人。

    同月，羅汝才，混十萬、整十萬、十反王、託天王、小秦王在河南永寧向熊文燦投稟乞撫，熊文燦派監軍道張大經於八月初一日至永寧縣西關面見羅汝纔等人接洽招安事宜。

    初二日，又有過天星、紫微星，射塌天（即李萬慶）、一字王等六部，在河南盧氏縣派人聯絡投降。

    在永寧、盧氏地區的羅汝纔等九營起流寇首領，向太和山提督太監李繼政求撫。

    李繼政移諮熊文燦，同意接受招撫。於是，羅汝才同白貴、黑雲祥三營屯紮於房縣，其他五營分駐於竹溪、保康一帶。

    這樣，當時活動於河南、湖廣地區的各支起流寇，絕大部分接受了明朝廷的招安。

    此次大明境內的流寇基本上暫時得到平息，可朱盡忠心裏最是清楚，這只是暴風雨之前的平靜罷了。