就像查爾斯教授說的，洛根幾人離開地球后，地球上發生了很多很多事。

    首先是神盾局被解散了，尼克.福瑞也不再是局長了。現在的神盾局由明轉暗局長也換成了在紐約大戰中被洛基殺死後又被尼克.福瑞救活的菲爾.科爾森。

    九頭蛇的勢力盤根錯節，自二戰勝利以來他們就開始侵入各個機關部門，被尼克.福瑞一手壯大的神盾局更是成了九頭蛇成長的溫床。

    爲了剷除對九頭蛇為威脅的人，九頭蛇的幾個最高領導利用手裏的權力建造了三架圍繞地球執行的高空航母，待航母升空後就可以靠著一款運算和航母上的武器一次性消滅所有會和九頭蛇作對的人。

    察覺到驚天陰謀的尼克.福瑞遭到了追殺，在追殺途中尼克.福瑞假死逃過了一劫，而後尼克.福瑞利用自己的假死以及美國隊長，娜塔莎特工等人破壞了九頭蛇的計劃。

    雖然計劃被破壞，但是已經被九頭蛇滲透的神盾局也不能再繼續執行，由科爾森領導的神盾局其實已經成了非法組織，但是即使如此，那些九頭蛇的剩餘勢力仍舊要靠神盾局來解決。

    神盾局的事剛解決鋼鐵俠就出事了，託尼的別墅自由之城被一夥自稱為曼達林信徒的不法分子給炸了，很多人以為託尼在爆炸中犧牲了，但是九死一生脫離危險後的他最終還是找到了真正的“曼達林”將其消滅了。

    曼達林的事解決後神域阿斯加德又出事了，千年前被奧丁消滅的只剩一小部分的黑暗精靈再次捲土重來。黑暗精靈依仗的是一種能改寫現實的武器，當時正逢九界連城一線的時刻，黑暗精靈企圖依靠那種武器將九界全部化為黑暗的世界。黑暗精靈最後都被雷神托爾消滅了，但是托爾的母親和他的弟弟洛基都在那場爭鬥中喪失了生命。

    這些還只是復仇者們的事情，變種人和普通人之間的矛盾衝突也是一次高過一次。

    幾個剛獲得能力的變種人因為能力失控對社會造成了危害，這使得抵制變種人，對變種人進行法案註冊的事再次被提上了日程。

    萬磁王在海外建立的變種人自由國度基諾沙島受到了襲擊，襲擊者是一幫自稱厭惡變種人，希望全天下的變種人全部消失的反變種人聯合隊的人。

    這種打著反變種人的口號暗中殺害變種人的人以前也曾活躍過，只是後期在萬磁王的手下和X戰警的調查打擊下沒有了聲息，現在不知怎麼又出來活動了。

    查爾斯教授的心靈感應能力並不是無所不能的，不光萬磁王的頭盔可以遮蔽他的感應，現在由高科技做成的藍芽耳機式的腦電波遮蔽器也能遮蔽查爾斯教授的感應。

    對方這次又備而來，查爾斯教授用腦波強化機搜尋後也是未果，反變種人聯合隊的人日益猖獗，變種人和普通人的關係也越來越緊張，眼看著雙方都走到了懸崖邊上打起來了。